Az első zsidó családok 1775-ben telepedtek le Szabadka külterületén. Alig egy évtized elteltével a zsidók engedélyt kértek és kaptak hitközségük létrehozására.
A 18. század vége felé 13 családnak volt hivatalos jogállása a városban, ekkor épült meg az első zsinagóga is. A zsidókkal szemben továbbra is szigorú és korlátozó törvények voltak érvényben, amivel csorbultak jogaik és lehetőségeik különböző foglalkozások választására.
Ennek ellenére a közösség lassan fejlődött, és a 19. század elején már 43 zsidó család élt Szabadkán. Kinevezték az első rabbit. Az 1867-es osztrák-magyar kiegyezés után elfogadták a zsidók emancipációjáról szóló törvényt. Rövid volt és lényegre törő: „Az ország izraelita lakósai a keresztény lakosokkal minden polgári és politikai jog gyakorlására egyaránt jogosítottaknak nyilváníttatnak.” E pozitív eseményeket a zsidók Szabadka gazdasági, művelődési, politikai és sportéletébe való gyors bekapcsolódása követi.
A városban akkoriban zsinagóga, mikve (rituális fürdő), zsidó árvaház és temető működött. A zsidó közösség jómódú tagjainak segítségével 1902-ben felépült a Nagyzsinagóga. A zsidó kórházat 1923-ban alapították. Ebben az időszakban a város iparának és kereskedelmének jelentős része a zsidók kezében volt, de az első világháború kezdete a gyors növekedés korszakának a végét is jelentett. A Hitközség a két világháború közötti időszakban mégis tovább fejlődött.
A náci Németország 1941. április 6-án megtámadta Jugoszláviát. Ezt követően Magyarország megszállta Bácskát, és mindenben az ország szerves részének tekintette. Kezdetben a zsidókat nem tömegesen vitték koncentrációs táborokba, hanem a zsidó férfiakat mozgósították munkaszolgálatra, ami nehéz és veszélyes munkákat jelntett a keleti fronton és Kelet-Magyarországon. Miután a német csapatok 1944. április 19-én bevonultak Magyarországra, döntés született „az ország zsidóktól való megtisztításáról”, ami néhány nappal később meg is kezdődött. Közvetlenül a német megszállás után a zsidó családokat kiűzték otthonaikból és 1944. május 10-ig egy rögtönzött gettóba zsúfolták őket össze. A szabadkai gettó a teherpályaudvar közelében volt, kitéve a légitámadások veszélyének.
A szabadkai zsidók számára az egyik legszomorúbb nap 1944. június 16. Ezon a napon küldték a szabadkai zsidókat marhavagonokba zárva Auschwitzba és más náci haláltáborba.
Noha Az 1941-1945-ös fasiszta megszállás szabadkai zsidó áldozatainak névjegyzéke csupán 2006 ember nevét sorolja fel, a deportálás és a munkaszolgálat valójában 6105 szabadkai zsidóra és az akkori faji törvények szerint zsidónak minősülő kikeresztelkedett vagy zsidó származású személyre terjedt ki. Közülük 1065-en (17,44%) tértek vissza, 5040-en (82,56%) pedig odavesztek.
A 20. század 40-es éveinek végén a túlélők többsége az újonnan megalakult zsidó államba, Izraelbe vándorolt ki. A Szabadkai Zsidó Hitközségben ekkor mintegy 250 tag maradt, annyian, mint ma.
